Tussendenken
Haar eigen denken typeert Huijer als 'tussendenken'. 'Ik denk vanuit dat wat nu actueel en belangrijk is. Trek ik me terug in een berghut, dan weet ik niet wat er in de samenleving speelt. Ik moet te midden van mensen zijn, weten waar mensen over praten, met welke vragen zij en ik zitten. Een van die vragen is: hoe kunnen we de publieke ruimte vormgeven? Hoe zorgen we dat iedereen meepraat en daaraan bijdraagt?'
Denkeres
Marli Huijer was nadrukkelijk Denkeres des Vaderlands. 'Vrouwelijke filosofen brengen vaak andere thema’s in, ze leggen andere accenten. Als Denker des Vaderlands wil ik kijken of ik stemmen van anderen, die op een minder goed hoorbare positie zitten dan ik, kan laten klinken.' Zo gaf zij door middel van een geruchtmakend manifest stem aan de nood van vluchtelingen, maar ging zij ook in gesprek met de schrijvers van de boze reacties die dit manifest opriep.
Onderzoek
Huijers onderzoek richt zich vooral op de vraag hoe mensen tot ordeningen komen. Hoe ordenen we de tijd? Hoe richten technieken en apparaten de publieke ruimte in? Hoe disciplineren we onszelf en elkaar tot gedrag dat het mogelijk maakt om vreedzaam samen te leven?